ABI 开发日志

注意：完整英文开发日志请见 docs/en/devlog.md。 本文档为中文摘要索引，列出关键版本和里程碑条目。 历史条目保留当时的术语和数量；权威发布历史以 CHANGELOG.md 为准。

2026-07-25 — v1.5.7.1：编译计划、Snakemake、契约与限制

  • 新增 Snakemake 导出和执行，与 local、Nextflow、原生 HPC 并列。

  • 规划阶段接入 CompiledPlan 校验并持久化 compiled_plan.json。

  • 全部 7 个插件必须提供非空 limitations.yaml，所有报告格式都渲染限制。

  • 对全部外部工具 DAG 节点强制输出 contract 覆盖；无输出节点需显式说明豁免理由。

  • 19 个稳定错误码均增加结构化恢复动作。

2026-07-15 — v1.5.6：Agent 集成、运行时锁与工作流编排

  • 新增可安装的 Claude Code、OpenCode 和 Codex 集成。

  • 加固严格运行时锁认证与不可变云端发布 helper。

  • 新增 EasyMeta/ViWrap 工作流编排和报告/产物 manifest。

  • 改进 SciPlot 标注排版、Unicode 支持及包/Docker 发布表面。

2026-07-11 — v1.5.5：可信发布链

  • GitHub Actions 收敛为 CI、Docker、Release 和可信 PyPI publisher。

  • 修复 sdist→wheel 与 Docker 构建输入不变量。

  • PyPI Trusted Publishing 只使用已发布 GitHub Release 的原始产物。

2026-07-07 — v1.5.3: 发布质量门禁与 DAG 修复

  • 新增 scripts/release_check.sh 统一发布验证入口

  • 新增 paper-evaluation 任务包（基准任务定义、指标 schema、双语评估笔记）

  • 合约 lint 扩展至 DAG 模板参数检查

  • 修复 DAG source: config.* 输入解析、FASTA 导出、Matplotlib boxplot 兼容性

2026-07-09 — v1.5.4-pre: RefSeq 质粒验证与 Bug 修复

  • Assembly 模式全流程验证：3 个 RefSeq 质粒（NC_002127.1 3.3kb、NC_011977.1 7.6kb、NC_002483.1 99kb F 质粒）在 AutoDL 128 核云服务器上运行 39/39 DAG 步骤全部通过

  • Bug 修复：修复 cross-sample path propagation（executor 向所有样本泄漏首个样本的 assembly 路径）、platon --db 标志缺失、genomad 解析器重复读取结果

  • Consensus table 修复：plasmid_consensus.tsv 在 abi run 流程中始终为空 — 根因是 write_consensus_table() 仅在 PipelineRunner 路径中调用，ABIExecutor（abi run 使用）从未调用。在 write_report() 中增加调用，并在 ExecutionPlan 中新增 plasmid_strategy 字段

  • WGS bacteria 验证：合成 MG1655 样本完成 fastp → SPAdes → Prokka → MLST（ST10 正确）→ AMRFinderPlus（0 获得性 / 11 固有）全流程

  • SciPlot 图表：3/9 figure specs 成功渲染（assembly_metrics_by_sample、plasmid_length_distribution、plasmid_score_vs_length）；barplot 新增 auto-count 模式

  • CLI 新增：abi --version / abi -V 显示版本号

2026-06-23 — v1.5.1-1.5.2: 发布身份与规划器清理

  • pyproject.toml project.version 成为单一版本来源

  • 移除旧手写质粒规划器，全部 7 个插件使用声明式 pipeline_dag.yaml

  • 覆盖率门禁提升至 75%，加入按模块风险分级门禁

  • 修复 wheel 安装配置发现、PBS 任务 ID 验证、资源选择过滤等

2026-06-23 — v1.5.0: HPC 运行时 + 新插件

  • HPC 运行时全面重构（SLURM/PBS）

  • 新增 easymetagenome（P0 猎枪宏基因组）和 viral_viwrap（ViWrap 包装）插件

  • SciPlot 扩展至 15 种生物图形类型

  • environments.yaml 统一 tool→env 声明，扩展多平台支持

2026-06-21 — 三维工程修复：环境、图表、并行执行

  • 环境修复：metaPhlAn/kraken2 autoplasm-stats → stats，新增 mmseqs2 ResourceSpec

  • 图表迁移：旧 FigureEngine → abi-sciplot（8 张科学图表，PDF+SVG+PNG）

  • 并行执行：GenericABIExecutor 支持 ThreadPoolExecutor 样本级并行

  • CoverM 解析器修复：_get_contains() 处理动态列名

2026-06-21 — 真实流水线执行：Bug 修复 + 组装流水线验证

  • 对 RefSeq 质粒数据运行 metagenomic_plasmid（assembly 平台）

  • 修复 5 个 bug：AMRFinderPlus makeblastdb、Bakta 输出目录冲突、geNomad 路径合约等

  • 3 个样本全部 19/19 步骤通过

2026-06-20 — v1.4.0: 科学图形编译器升级

  • SciPlot 从 9 种图形扩展至 15 种（PCoA、火山图、堆叠柱状图、热图、系统发育热图等）

  • 新增 plotnine（ggplot2 语法）+ seaborn 后端

  • 12 个 DAG enable_condition 修复，geNomad 解析器通配符修复

  • 5 个插件端到端验证（4/5 零失败）

2026-06-18 — Direction E: Token 优化 + 基准数据

  • v1.3.0：计划摘要（~5K→250 tokens）、abi query 轻量查询、错误信封无 traceback 模式

  • 全部 5 个插件完成基准数据集（data/benchmarks/<plugin>/）

2026-06-18 — ABI "uv-ification": 声明式 DAG 规划器

  • dag_planner.py（~630 行）— UniversalDAG，从 pipeline_dag.yaml 声明式生成执行计划

  • tsv_mapping.py（~230 行）— YAML 驱动 TSV 列映射，替换 ~14 个手写解析器

  • 全部 5 个插件接入 use_dag 开关和 TSVMapper

2026-06-18 — Direction D-F: 基准数据集 + Docker + DAG 迁移

  • Direction D：基准数据集 + 端到端真实执行测试

  • Direction C：全部 5 个插件 Docker 镜像 + docker-compose

  • Direction F：质粒 DAG 从 PipelineDAG 迁移至 UniversalDAG

2026-06-18 — Direction A-B: 扩增子多样性 + 工程基础设施

  • Direction A：扩增子多样性脚本（781 行纯 Python）、AMRFinderPlus 解析器修复、系统发育树步骤

  • Direction B：Sphinx API 文档 + ReadTheDocs、README 徽章、pre-commit 版本升级

更多历史详情请参阅完整英文开发日志。