多 LLM 工具描述符导出

ABI 通过统一的 tool_descriptors SSOT 为 AI Agent 平台导出与提供商无关的工具描述符。标准命令为：

abi export-tools --type metagenomic_plasmid --format openai --provider openai
abi export-tools --type metagenomic_plasmid --format openai --provider deepseek
abi export-tools --type metagenomic_plasmid --format anthropic
abi export-tools --type metagenomic_plasmid --format gemini

支持的提供商配置文件：OpenAI、Anthropic Claude、Google Gemini、 DeepSeek、智谱 (GLM)、Kimi (Moonshot)、通义 (Qwen)、MiniMax。

默认工具

默认导出包括：

  • abi_list_types

  • abi_plan

  • abi_check

  • abi_dry_run

  • abi_inspect

  • abi_report

  • abi_export_nextflow

  • abi_export_snakemake

  • abi_export_agent_context

  • abi_doctor_agent

  • abi_install_skills

  • abi_query

  • abi_validate_result

  • abi_autoplasm_validate_result（旧版兼容别名）

abi_run 默认不导出，除非传入 --include-execution。

格式家族

支持三种格式家族：

  • OpenAI 兼容 (--format openai): 适用于 OpenAI、DeepSeek、智谱、 Kimi、通义、MiniMax 的函数描述符。使用 additionalProperties: false、 strict: true (Responses API) 和 readOnlyHint (Apps SDK)。

  • Anthropic (--format anthropic): Claude 的 tool_use 描述符。

  • Gemini (--format gemini): Google Gemini 的 function_declarations。

Agent 上下文

Agent 可以获取紧凑的操作上下文：

abi export-agent-context --type metagenomic_plasmid --format json
abi doctor-agent --type metagenomic_plasmid

上下文列出安全调用顺序、标准表、重要产物、错误码以及恢复规则。

Agent 技能 (Claude Code)

ABI 在包内的 src/abi/skills/ 中捆绑了 SKILL.md 文件（每个生物信息学工具一个，外加一个 abi_agent 操作技能）。通过以下命令安装到 Claude Code：

abi install-skills         # → ~/.claude/skills/abi/
abi install-skills --force # 覆盖已有文件

Claude Code 在每次会话启动时自动加载 ~/.claude/skills/ 中的所有技能。

MCP 服务器

abi-mcp                    # safe profile：不包含执行和管理工具
abi-mcp --profile discovery
abi-mcp --profile full     # 加入受确认门控的 abi_run
abi-mcp --profile management
python -m abi.mcp.server   # 等效命令（如果 abi-mcp 不可用）

MCP 可见性 profile 与默认描述符导出是两个不同概念：

  • discovery 暴露 7 个只读的发现、预检和检查工具；

  • safe 暴露 12 个工具，增加规划、dry-run、报告和工作流导出，但不含执行与管理；

  • full 增加受确认门控的 abi_run；

  • management 还增加 abi_install_skills 和旧兼容别名 abi_autoplasm_validate_result。

只有会话确实需要 abi_run 时才使用 full；真实执行仍须在用户明确批准后传入 confirm_execution=true。

Python API

import abi
print(abi.get_agent_guide())        # 用于系统提示注入的紧凑指南
print(abi.list_plugins_summary())   # [(analysis_type, name, description), ...]