Bacannot 受管接入

wgs_bacannot 将 Bacannot 作为受管外部 Nextflow 工作流接入 ABI。它与较轻量、ABI 原生的 wgs_bacteria 并存；首版只支持 Illumina paired-end 细菌分离株。

当前支持基线为不可变身份：

  • Bacannot v3.4.4

  • commit a78ddb0bffe75139adf1f443260d6d5b1987fe27

  • 契约集 bacannot-3.4.4-v1

  • Nextflow >=25.10.0,<26.0.0、Java 17、Docker 或 Singularity

规划期只声明一个父级步骤及预期 process 类别；执行期保存每个 Nextflow task attempt，失败重试和 CACHED 均不会被折叠。ABI 强制生成 trace、report、timeline、DAG 和日志，并逐 attempt 归档 .command.sh、stdout、stderr 与退出码；证据 manifest 校验通过后，结果才可能被接受。

标准结果写入 standard/，并镜像到 ABI 兼容目录 tables/。provenance/result_sources.tsv 把标准表行关联到来源文件、摘要、task、process 和解析器版本。assembly、annotation、MLST、AMR 契约对缺 process 和缺关键产物均 fail closed。validate-result 会直接对照发布结果树重新校验关键 产物，删除或破坏任一关键产物都会使验证失败，并定位到样本、契约、task 和文件。

失败会被结构化诊断而不是笼统上报。每次运行都会写入 provenance/diagnostics.json，把失败 attempt 归入稳定错误码（EXTERNAL_TASK_FAILED、RESOURCE_EXHAUSTED、DATABASE_MISSING、 TOOL_OR_CONTAINER_UNAVAILABLE），并给出 process、样本、attempt、退出码、归档日志路径和可执行的 恢复建议。未映射的 Nextflow process 始终记录在 task_attempts.tsv；audit.unmapped_policy （默认 warn）决定未映射 task 是否额外阻断结果验证（fail）。

resume 运行保留原运行的证据：前次快照、task-attempt 表、证据 manifest、验证与诊断文件会归档到 provenance/previous_runs/<run-id>/，新快照记录 resumes_run_id 和归档位置。每次运行摘要去报 告 CACHED 与重新执行的 task 数量对账，resume 结果保持可审计。

插件当前明确报告 production_ready: false。D2/D3 生物学验收、resume 认证、代表性 HPC 运行、 容器/数据库 manifest 和 strict release runtime lock 仍是发布门禁；完成前只能用于工程验证，不能宣称 生产认证或生物学验收已完成。

安全生命周期为：

query -> plan -> check -> dry-run -> 审核后 run -> inspect -> validate-result -> report

真实执行必须经过 ABI 明确确认，并配置完整的 Bacannot 数据库 bundle。